Luiz Mott is a reliable source because many points of his analysis are corroborated by the main reference on the matter, the 2012 critical edition by Franz Obermeier (for reviews, see https://journals.openedition.org/cal/2908 and https://journals.openedition.org/jsa/12926 or in portuguese https://journals.openedition.org/nuevomundo/67310). For instance, in note 319 on page 297, Obermeier convincingly argues that Tibira was indeed "a homosexual" (full text freely available at https://macau.uni-kiel.de/servlets/MCRFileNodeServlet/macau_derivate_00000180/YvesDigitaleAusgabe.pdf#page=365).
In his introduction to the critical edition, Obermeier mentions Tibira several times, and although he does not state that Yves was responsible for his death, he says that Tibira was killes by the French with the consent of the Ordre des capucins (a third value we can add in our "killed by" statement!): Les Français étaient intolérants envers toute sorte de comportement jugé déviant ou dangereux, même les remarques critiques des Indiens envers les colonisateurs étaient observées. Ils condamnèrent un homosexuel à mort avec l’accord des capucins. Le jugement fut exécuté, les Français le firent tuer par un Indien, son corps attaché à la bouche d’un canon auquel un Indien mit le feu. (Obermeier 2012, page XXXI).
Futhermore, specifically about the unreliability of Yves concerning Tibira, Obermeier says page XXXIV that Yves speaks in "bad faith" (mauvaise foi), meaning that Mott's reading is not illogical : "La disparité des différentes parties du livre d’Yves d’Évreux est peut-être un avantage aujourd’hui. Son bricolage d’historiographie, de guide à l’usage des futurs colonisateurs, d’observations de naturaliste doué et de livre édifiant pour le grand public sur les succès de la mission au Deuxième Traité, nous permet de choisir à notre tour dans son vaste livre des chemins de lecture diversifiés et de le suivre dans cette étrange aventure tout en prenant les distances nécessaires par rapport à ses convictions et, parfois, à sa mauvaise foi quand il fait par exemple un sujet édifiant du supplice infligé à un Indien homosexuel baptisé avant de mourir."
From my own reading of Yves, my takeaway is that he uses the indefinite pronoun "on" a lot, which can also mean "we" (check any dictionary for confirmation of this), so it's not clear if he includes himself among the responsibles for Tibira's judgement.
I hope this answers your question and shows that Mott's analysis is credible since it agrees in several crucial aspects with the only recent scientific work on Yves.