Wikidata:WikiProject Microbiology/Properties/nl
Geaccepteerde eigenschappen
Gram kleuring
In de prokaryotische afstammingen kunt u gram +/- hebben, afhankelijk van het type celmuur. Er is nu geen eigenschap voor gramverf beschikbaar, maar er zijn de pagina's van de items aanwezig waarop een link kan worden gemaakt. Voor gram-positief is de pagina Q857288 en voor gram-negatief is de pagina Q632006
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Property:P2597 | Gram staining | item | Gram positive Q857288
Gram negative Q632006 |
Naamgeving organismen
Er is een lange discussie aan de gang op de "goedkeuringspagina" van de PhenoBot over hoe microben te benoemen en ik denk dat deze discussie daar of op een ander algemeen gebied moet worden voortgezet.
Algemene eigenschappen van organismen
Hieronder vindt u een lijst van algemene eigenschappen die kunnen worden gebruikt voor microben en andere organismen.
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Property:P105 | taxon rank | item | Family, Genus, Species items see full list below |
| Property:P685 | NCBI Taxonomy ID | item | Should theoretically always be there |
| Unknown | UniProt Taxonomy ID | String | External reference |
| Unknown | NCBI Bioproject ID | String | External reference |
| Property:P225 | taxon name | String | Name matching the given taxon identifier |
| Property:P171 | parent taxon | item | Should theoretically always be there |
| Property:P31 | instance of | item | Q16521 |
| Unknown | type strain | boolean | which item? Q3707858? |
| Property:P2043 | length | integer | 902320 bp Q21481789 |
| Unknown | GC content | float | with method specified as string? |
Bioveiligheid
Is mogelijk met de huidige eigenschappen voor bioveiligheid
Er zijn 4 niveaus van bioveiligheid die de ernst van de voorzorgsmaatregelen tonen die nodig zijn om met biologische middelen te werken. Bioveiligheid niveau 1 is de zwakste vorm van insluiting en wordt vaak toegekend voor goed gekenmerkte niet-schadelijke organismen, terwijl de bioveiligheid niveau 4 is voor de meest pathogene organismen zoals het Ebola-virus.
De eigenschap die wordt gebruikt voor de bioveiligheid is de reeds gedefinieerde P1604 met de overeenkomstige niveaus 1, Q18396533, 2, Q18366535, 3, Q18386538 en 4 Q18396539
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Property: P1604 | biosafety level | item | Level 1 Q18396533
Level 2 Q18396535 Level 3 Q18396538 Level 4 Q18396539 |
Pathogeniciteit
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Dit is in biologische zin verbonden met bioveiligheid. Als een organisme pathogeen is, is het waarschijnlijk geen bioveiligheidsgraad 1 maar het is mogelijk nog niet bekend op welk ander niveau het behoort. Het is echter waarschijnlijk bekend dat het pathogeen is voor planten, dieren en/of mensen.
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | Pathogenic to | item | Pointing to the corresponding organisms most likely via the taxon identifiers |
Groei condities
Motiliteit
Is nog niet mogelijk met de WD eigenschappen
Het vermogen van een organisme om spontaan en actief te bewegen kan worden beschreven met behulp van verschillende verklaringen
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | Motility | item | Chemotactic (Chemotaxis) Q658145
Motile Q3359 Nonmotile (not yet found) |
Environment
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Dit gedeelte zou nog meer uitbreiding en scheiding nodig kunnen hebben, omdat de environment een zeer breed scala aan mogelijkheden heeft. Voor kleinere organismen kan dit bijvoorbeeld de bodem, de oceaan zijn, maar ook de menselijke of de darm van bepaalde dieren. De omgeving kan verder worden gespecificeerd wanneer deze informatie aanwezig is. Om een voorbeeld te geven, zijn dit de omgevingen die voor een bepaald aantal soorten zijn geïdentificeerd en het is slechts een snapshot van de dataset die in Wikidata kan worden geïntegreerd.
| 2804 | soil with plant residues |
| 2617 | soil |
| 188 | spacecraft-associated clean room class ISO 8, Herschel Space Observatory |
| 152 | unknown |
| 140 | seawater |
| 138 | marine sediment |
| 118 | soil with lime pebbles and plant residues |
| 114 | forest soil |
| 113 | soil with plant residues and lime pebbles |
Een van de voorwaarden voor kleinere organismen kan bijvoorbeeld het zoutgehalte zijn, wat in feite de hoeveelheid zout in water aangeeft.
Temperatuurbereik
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Het temperatuurbereik waarin een organisme kan overleven wordt nu beschreven in vier verschillende groepen (hyperthermophilic, mesophilic, psychrophilic, thermophilic). Er is nu geen eigenschap gedefinieerd om het bereik op te slaan waarin een organisme kan gedijen.
Op de huidige pagina's van het item ontbreken echter nog steeds volledige informatie over het temperatuurbereik die kan worden toegevoegd indien een dergelijke eigenschap wordt gedefinieerd.
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | Temperature optimum | integer | Optimal temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature minimum | integer | Minimum temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature maximum | integer | Maximum temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature range | item | Hyperthermophile Q1784119
Mesophile Q669652 Psychrophile Q913343 Thermophile Q834023 |
Zuurstofbehoefte
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Niet alle organismen kunnen overleven met of zonder zuurstof en deze definities worden nu gedefinieerd door bepaalde bronnen:
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | Oxygen requirement | item | Anaerobic Q189790
Aerobic Q193124 Microaerophilic Q548321 Facultative Q5428855 Facultative anaerobe Q1091848 Microaerophilic Q548321 Obligate aerobe Q7075150 Obligate anaerobe Q2915932 |
Oxygen requirement
| Description | Requirement of oxygen for micro-organisms |
|---|---|
| Data type | Item |
| Domain | taxon (Q16521) AND strain (Q855769) |
| Allowed values | anaerobic organism (Q189790) OR aerobic organism (Q193124) OR microaerophile (Q548321) OR Facultative (Q5428855) OR facultative anaerobic organism (Q1091848) OR microaerophile (Q548321) OR obligate aerobe (Q7075150) OR obligate anaerobe (Q2915932) |
| Example | Pseudomonas putida KT2440 (Q21079489) → aerobic organism (Q193124) |
| Robot and gadget jobs | We are planning this to use in bots that add phenotypic characterisations |
- Motivation
Micro-organisms can grow under various oxygen conditions. Some can grow only with oxygen while others can only grow without. Between these two there is a range in which organisms can grow partially with or without oxygen. These phenotypic characterisations are of utmost interest for further characterising bacteria. jjkoehorst (talk) 06:54, 9 March 2016 (UTC)
- Hi, This is my first contribution, so I apologize in advance if this is the wrong place. I also agree that this property should be added. Especially because it maps to a metadata from the Minimal Information about any sequences (MIxS) described [1]https://genomicsstandardsconsortium.github.io/mixs/0000015/ and with the following authorized values: [2]https://genomicsstandardsconsortium.github.io/mixs/RelToOxygenEnum/.
- That being said, the values can all be mapped back to the Ontology of Prokaryotic Phenotypic and Metabolic Characters [3]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/micro
- Example:
- Anaerobic Q189790: anaerobe [4]http://purl.obolibrary.org/obo/MICRO_0001517
- Microaerobe Q548321: microaerobe [5]http://purl.obolibrary.org/obo/MICRO_0001515
- Best,
- Charlie Lhippovert (talk) 13:55, 30 January 2023 (UTC)
- Discussion
Zoutgehalte
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Er zijn nu 4 soorten aanpassingen beschreven voor lagere en hogere organismen (meestal visachtig)
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | Salinity type | item | Euryhaline Q2630188
Halophile Q946633 Halotolerance Q1529024 Stenohaline Q2853549 |
pH
Is nog niet mogelijk met de WD-eigenschappen
Definitie van het pH-bereik Q40936 van een bepaald organisme.
| Eigenschap | Label | Gegevenstype | Verwachte waarde |
|---|---|---|---|
| Unknown | pH optimum | item | Optimal pH for organism under normal conditions |
| Unknown | pH minimum | item | Minimum pH for organism under normal conditions |
| Unknown | pH maximum | item | Maximum pH for organism under normal conditions |
Geografische locatie
Er is informatie beschikbaar op bepaalde niveaus. Soms is er land- en continentaal-informatie en soms zijn er GPS-coördinaten. Ik zal binnenkort een snapshot plaatsen van hoe deze informatie eruit ziet.